La activitad académica de investigación se ordena a la eUniv a partir del Plan Director de Investigación (PDI). Este instrumento, que se elabora bajo la Dirección de la IFIA, sirve para hacer converger los intereses y necesidades de las enseñanzas implantadas y de la investigación aplicada.

El PDI es quinquenal y recoge toda la oferta de líneas de investigación impulsadas ​​desde el IUFIA al alcance del alumnado que debe elaborar los trabajos obligatorios de cada materia de sus estudios. Las líneas se presentan distribuidas en bloques dirigidos a cada una de las enseñanzas, y dentro de cada bloque se diferencia, por su nivel de complejidad, los proyectos en que pueden participar los estudiantes de Bachelor y en los que lo pueden hacer los estudiantes de Máster.

El PDI informa también de las unidades de investigación que dentro del IUFIA organizan las líneas de investigación, con la descripción de los objetivos, metodologías, estado, publicaciones y personal que colabora. El PDI lo aprueba la Junta Académica y su presupuesto se integra dentro del presupuesto general del IUFIA. Cualquier modificación que pueda producirse durante el periodo de vigencia establecido para el Plan, requiere del informe previo de evaluación del impacto económico del Clavario de la eUniv. La actividad de investigación doctoral impulsada desde la Escuela de Doctorado J. H. Newman constituye un capítulo propio dentro del Plan Director, en atención a sus singularidades. Las líneas de investigación doctoral, sin embargo, pueden integrar alumnado de otros niveles para la realización de investigaciones coadyuvantes si estas tienen una justificación teórica o permiten el ejercicio de metodologías provechosas para la formación de este alumnado.